כעבור כמעט שנתיים בתפקיד: בית המשפט העליון הודיע כי מינויו של רפי אלמליח לתפקיד מנכ"ל מינהל התכנון ייבחן מחדש. הודעה זו מגיעה לאחר שהוגשה עתירה בנושא על ידי עמותת 'אדם טבע ודין', שטענה כי המינוי לוקה בניגוד עניינים בשל כך שאלמליח שימש במשך שנים אחראי על תחום תכנון ברשות מקרקעי ישראל, ובעיקר בגלל שחברי הוועדה לאיתור המנכ"ל לא עונים על הקריטריונים הנדרשים למומחיות בתחום התכנון. השופטים פוגלמן, עמית ומינץ החליטו להקים וועדת איתור שתדון במינוי מחדש.
על פי הודעת דוברות משרד הפנים, שפורסמה בחודש יוני 2022, כשאלמליח התמנה: "בעשור האחרון אלמליח ניהל כ-80 עובדים בהיקף תקציב שנתי של 300 מיליון שקל, בהיקף פעילות של 800 תוכניות. במסגרת זו הוביל תוכניות בינוי, תשתיות וסביבה רבות בקרקעות המדינה וסייע ביצירת מענה תכנוני לדיור של כ- 2.5 מיליון תושבי המדינה. לצד תפקיד זה כיהן כחבר במועצה הארצית לתכנון ובנייה, בוועדה לתשתיות לאומיות, בוועדות המחוזיות, בוותמ"ל, בוועדות המשנה של המועצה הארצית ובמוסדות תכנון במועצת גנים לאומיים ושמורות טבע ובקרן לשמירה על שטחים פתוחים".
עתירת עמותת אט"ד התמקדה בכשירות וועדת האיתור, המונה, ע"פ החלטת ממשלה מ-2017, 5 חברים: מנכ"ל משרד הפנים ונציב שירות המדינה או נציגיהם, נציג אקדמיה בעל ידע ומומחיות בתחום התכנון, נציג ציבור בעל מומחיות בתחום התכנון, ועובד בכיר במשרד ממשלתי בעל מומחיות בתחום. ע"פ טענת אט"ד, ע"פ הגדרת וועדת האיתור צריכים היו 3 מתוך 5 חבריה להיות בעלי מומחיות בתכנון, אך תנאי זה לא קוים ובוועדת האיתור שבחרה באלמליח ישבו מנכ"ל משרד הפנים, נציג שרות המדינה, ופרופ' רון שפירא, נשיא המרכז האקדמי פרס, עו"ד דוד שני, ראש הרשות לרישום והסדר זכויות מקרקעין, ועו"ד ציפורה בליצר.
"לא יתכן שוועדת האיתור תורכב מאנשים שאינם בעלי מומחיות בתחום"
מתוך הכרעת הדין, עליה חתום מ"מ נשיא בית המשפט העליון, עוזי פוגלמן: "בנסיבות אלו, סבורני כי הפרשנות שלפיה מומחיות וידע בתחום התכנון מצריכים רקע במקצועות התכנון, היא זו שמגשימה את התכלית שעניינה הקפדה על האיכות המקצועית של המינויים בשירות הציבורי, וזאת בהשוואה לפרשנות המרחיבה שהציעו משיבות המדינה, ונוכח אופיו וטיבו של התפקיד שעניינו מונח על הכף. משאלה הם פני הדברים, אני סבור כי חברי ועדת האיתור שממליצה על מינויו של אחד מבעלי התפקידים הבכירים ביותר בענף התכנון במדינת ישראל, ושממונים לוועדת האיתור בשל, בין היתר, מומחיותם בתחום והיכולת להעריך את כישוריו המקצועיים של המועמד לתפקיד, נדרשים להיות בעלי מומחיות גם בתחום התכנון עצמו במובנו הגרעיני, ואין די במומחיות בתחומים שיש בהם השקה מסוימת לתחום זה".
בית המשפט העליון קבע כי במידה וועדת האיתור החדשה תחליט שיוכל רפי אלמליח להמשיך בתפקיד - כך יקרה. מתוך ההכרעה: "בגדר הדוקטרינה של התוצאה היחסית ונוכח השיקולים שפורטו לעיל, לא מצאתי כי מתחייב קיומו מחדש של הליך הבחינה והמינוי, אלא די בכך שוועדה חדשה תמונה ותדון בהתאמתו של אלמליח לתפקיד. בצד האמור, אין מניעה כי הוועדה, אם תמצא לנכון, תדון גם במועמדים נוספים. אולם, יודגש כי היא אינה חייבת לעשות כן וככל שתמצא כי אלמליח ראוי למלא את התפקיד, תוכל לסיים את תפקידה ומינויו של האחרון יעמוד בעינו".
עו"ד עמית ברכה מנכ"ל אדם טבע ודין: "בית המשפט קיבל את עתירת אדם טבע ודין וקבע שבחירת רפי אלמליח לתפקיד היתה לא חוקית. שניים מחמשת חברי הוועדה לא היו בעלי מומחיות בתחום התכנון. כדברי בית המשפט, מונו שלא כדין. אדם טבע ודין ימשיך לפעול לכך שמינויים בעלי השלכה לאומית סביבתית ייעשו באופן המקצועי והחוקי ביותר. זו משמעותו של מינהל תקין, זו תמציתה של סביבה ראויה בחברה דמוקרטית. בימים בהם מקודמות תכניות בנייה הרסניות לסביבה ע"י גורמים פוליטיים, גורמים עתירי הון ואינטרסים נדל"ניים, לא יתכן שוועדת האיתור לבחירת ראש מערכת התכנון תורכב מאנשים שאינם בעלי מומחיות בתחום התכנון".
ממשרד הפנים נמסר: "בהתאם לפסיקת בג"ץ, השר יפעל להקמת ועדת איתור חדשה במסגרתה מועמדותו של מנכ"ל מינהל התכנון הנוכחי תשוב ותדון לפני ועדה זו".