המדינה העבירה לקרן הקיימת לישראל 50 אלף דונם בשווי מאות מיליוני שקלים, בעקבות הסכם סודי שנחתם בין שני הגופים. הקרקעות הועברו לקרן הקיימת בניגוד לחוק, ללא אומדן לשוויין וללא אישור וועדת הכספים. קק"ל מכרה את הקרקעות ושלשלה את הכסף לקופתה במקום להעביר את הכסף לקרן מיוחדת כפי שנקבע בהסכם - כך עולה מדו"ח מבקר המדינה, המשלים את הדו"ח בנושא קק"ל. הכנסת דחתה את דרישת קק"ל שטענה לחיסיון וביקשה למנוע את פרסומו לציבור.
הדו"ח מצביע על שורה של אי סדרים בהתחשבנות הכספית שבין המדינה, באמצעות רשות המקרקעין, לקק"ל. ההתנהלות כל כך רשלנית, עד שגם המבקר לא הצליח להכריע מה היקפו הכספי של המחדל והאם קק"ל חייבת בעקבותיו כסף למדינה או להיפך. הקרקעות במדינה שייכות ברובן (70%) לרשות המקרקעין. 7% נוספים הן בבעלות פרטית, 12% בבעלות קק"ל ו-11% הן אדמות נפקדים שנתפסו במלחמת השחרור. מכירת אדמות הנפקדים מחייבת את המדינה לרשום את התמורה בנפרד. גורמים המקורבים לפרשה טוענים שחלק גדול מהאדמות שהועברו על ידי המדינה לקרן הקיימת היו אדמות נפקדים ונוכח רגישות הנושא בחרו הצדדים לעסקה לשמור אותו בסוד מפני הציבור.
קק"ל עוסקת בפיתוח אדמות שבבעלותה ואדמות מדינה הנמסרות לה לצרכי פיתוח. הפיתוח נעשה באמצעות גוף הביצוע של קק"ל, "פיתוח מקרקעי ישראל". קק"ל עוסקת בהקמת מאגרי מים, פיתוח סביבתי, ייעור, סיוע להתיישבות החקלאים והקמת תשתיות ליישובים. על פי ההסכם עם המדינה, צריכים בעלי הקרקע לשאת בהוצאות פעולות הפיתוח של קק"ל, שתגיש למדינה מדי חצי שנה חשבון על פעולותיה על אדמות המדינה.
אולם על פי ממצאי המבקר, החשבון לא הוגש וקק"ל מעולם לא גבתה מהמדינה את התשלומים המגיעים לה. בשנים שנבדקו, 2011-2014, ביצעה קק"ל פרויקטים של פיתוח בהיקף של 962 מיליון שקל, שהיוו 59% אחוזים מתקציב הפעולות של קק"ל, אולם המדינה לא שילמה את התמורה עליהן. מהדו"ח עולה כי המדינה והקרן הקיימת לישראל לא קיימו את ההסכם על פיו יש לקיים התחשבנות על הוצאות פיתוח קרקעות, ולפיכך לא ברור אם הקרן הקיימת חייבת כסף למדינה או שעל המדינה לגבות ממנה מיליוני שקלים.
ב-1991 נחתם הסכם סודי בין המדינה לקק"ל, על פיו תעביר המדינה לקק"ל קרקעות בתמורה לפעולות פיתוח שקק"ל עושה בקרקעות המדינה. אולם "פיתוח מקרקעי ישראל" גוף הביצוע של קק"ל, כלל לא הפריד בחשבונותיו בין פעולות פיתוח בקרקעות קק"ל לפיתוח אדמות המדינה, שעליהן יש להתחשבן. קק"ל מסרה למבקר המדינה הערכה שעל פיה הסתכמו הוצאות הפיתוח של קרקעות המדינה מ-1961 ועד 2013 ב-10.5 מיליארד שקל. מאידך, קיבלה קק"ל במסגרת ההסכם הסודי מהמדינה כ-50 אלף דונם, ללא דיווח כנדרש בחוק לוועדת הכספים ומבלי שתהיה הערכה לגבי שוויין של הקרקעות. הקרקעות נמכרו במאות מיליוני שקלים על ידי קק"ל והתמורה הוכנסה לקופתה בניגוד להסכם עם המדינה. "בשל מחדלי המדינה וקק"ל, אין בידיהן מידע מהימן לגבי היקף ההוצאות שהוציאה קק"ל בגין פיתוח מקרקעין שבבעלות המדינה, ואף לא מידע מהימן לגבי ערך הקרקעות שהעבירה המדינה לקק"ל מכוח ההסכם בתמורה להוצאות אלה. כפועל יוצא מכך המדינה גם אינה יודעת אם היא שחייבת כספים לקק"ל עבור הפיתוח שפיתוח מקרקעי ישראל עשה במקרקעי המדינה, או שמא קק"ל היא שחייבת למדינה כספים בהתחשב בשווי הקרקעות שקיבלה מהמדינה, ובהתחשב במאות מיליוני השקלים שהתקבלו כהכנסות מאותן קרקעות, והועברו לקק"ל במקום להיות מופקדים כנקבע בהסכם בקרן מיוחדת" נאמר בדו"ח המבקר.
בתגובה לדוח טענה קק"ל שאין ספק שהמדינה חייבת לקרן מיליארדי שקלים. במשרד המבקר אומרים שטענה זו מדגישה את ההתנהלות הבעייתית עליה מצביע הדו"ח. המבקר ממליץ שרשות מקרקעי ישראל תכין רישום מדוייק של הקרקעות שהועברו במסגרת ההסכם הסודי לקק"ל. כן ממליץ המבקר לבחון מחדש את כלל ההתחשבנות בין המדינה לקרן הקיימת ואת דרכי ההתחשבנות.
מקק"ל נמסר בתגובה: "קק"ל מאמינה בביקורת ככלי חשוב לשיפור והתייעלות. הנהלת קק"ל הנוכחית מחויבת לעקרונות של שקיפות, כללי מנהל תקין מחמירים, פיקוח ובקרה ותמשיך בדרך זו, כדי להגשים את חזונה וייעודה למען העם היהודי ומדינת ישראל. התוספת לדו"ח, מתייחסת להסכם שנתחם בשנת 1991 והוגדר בשעתו על ידי ממשלת ישראל כ'סודי'. המדינה אף ציינה שחשיפתו תפגע ביחסי החוץ של מדינת ישראל. קק"ל עודנה מאמינה, כי השיקולים שעמדו בבסיס הטלת החיסיון נכונים גם בימנו אנו, אך ההחלטה בנושא נמצאת בסמכות ממשלת ישראל וכנסת ישראל, ומשהוחלט על ידי גופים אלה לפרסם הדו"ח, אנו מכבדים זאת".